【Stage1——人鱼水族馆】
Layer：“X、Zero，听见了吗？水流调节装置在水箱的最深处，所以要先找到水箱的入口，那么拜托了。”（Mission Start）
（找到水箱的入口，被中BOSS 海葵 拦住，打败它后，入口打开，跳进去进入水箱）
Layer：“X、Zero，听见了吗？你们一直往下潜，就能找到水流调节装置了。”
X/Zero：“了解！”
（路上找到宇宙装甲（Astro Armor）的足部配件）
Light：“X，你是整个世界的希望，但同时，你也拥有那样的可能性，不过，现在唤醒还不是时候，必要时，你就作出自己的选择就好。这是宇宙装甲的足部配件，装配有超强力的喷气推动装置，穿上它，你就可以提高你的机动性能，那么，站到胶囊里来吧。”
（站上去，得到宇宙装甲（Astro Armor）的足部配件）
（到达最底部之后）
X：“！”
暴雨巨龟：“圆水斩！”
Cocytus：“哼哼哼哼……”（发动攻击，巨大的浪涛打过来）
暴雨巨龟：“呃啊！”
Cocytus：“真是不自量力的家伙啊，那么，就让我来送你一程吧！”
X：“住手！”
Cocytus：“喔呵呵呵呵…好像来了客人呢。”
暴雨巨龟：“X…是X吗？请小心那家伙…呃…太强了…”
X：“暴雨巨龟，你怎么样？”
暴雨巨龟：“我不要紧，你们快打倒他，阻止水流调节装置吧！”
Cocytus：“X啊，久闻大名，在下是十三使徒中的‘水浴之Mercury’的Cocytus。正如你所见，Abel教授为了模拟水质大改造，而在这里进行的实验，这可是造福全世界的大善举喔。”
X：“这种所谓的善举，不要也罢！马上给我住手！”
Cocytus：“哼哼哼…如果我说‘不’呢？看起来，你好像也和Irregular是一伙的了，这样的话，就让我把你们统统消灭掉好了！”
X：“暴雨巨龟，你先逃吧！这里交给我和Zero！”
暴雨巨龟：“可是……好吧！”（离开）
X：“Cocytus，我不会让你们得逞的！”（Warning）
（若被他打败）
Cocytus：“真是可惜，这么强大的Repliloid就这么成了废铁，不过，你们的废铁不会被浪费，作为机械鱼的饵料，是不是比沉没在这水底更好的归宿呢？啊哈哈哈哈…”
（打败他后）
Cocytus：“呃啊……可恶，碍事的家伙！不过……我们一定会创造出新的……海洋……到那时……生命的种子……啊啊啊啊啊啊——！！！！！！”（大爆炸）
Layer：“X、Zero，听见了吗？水流调节装置就在你们的前方。”
X/Zero：“了解！”
（走向前，关掉水流调节装置之后）
Layer：“X、Zero，听见了吗？现在那里的异常解决了，你们可以回基地来休息一下了。”
（Mission Complete）
【X 得到 Cocytus的 水龙炮（Water Dragon）】
【Zero 得到 Cocytus的 龙王刃（Ryuoujin）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：修复室】
X：“暴雨巨龟，他怎么样了？”
维修员：“他受了很重的伤，需要好好休养一段时间。”
X：“如果那个时候，不是他干扰了Cocytus的计划，那么后果恐怕不堪设想，可是，能把暴雨巨龟伤成这样，那些家伙………”
Gate：“维修员，照这个龟壳设计图修复吧。”
维修员：“遵命！”
X：“你、你是…！？Gate！？”
Gate：“X？！好久不见。”
X：“好久不见。”
Gate：“是Cain博士修复了我，然后我就把从前的研究小组成员全都复活了，目的就是为了阻止Abel教授的野心。”
X：“所以，我在那里遇到了暴雨巨龟？”
Gate：“X，Abel教授说给我们七天时间考虑，意思就是——他要在七天之内毁灭整个世界。”
X：“这怎么可能？！身为人类的他……？！”
Gate：“人类，是比Repliloid更复杂难懂的生物……”
X：“…………”
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